据报道，在扁卸任后，外界瞩目的公务机要费案，由于犯罪事实与吴淑珍被控公务机要费案相同，在检方重新启动侦查后，将以并案台北地院审理的方式将陈水扁起诉。参与侦审公务机要费的检察官表示，由于陈瑞仁起诉品质在检察界内部备受肯定，他当初起诉吴淑珍等人的起诉书只要换个名字，“就是陈水扁的起诉书了”。

至于扁在吴淑珍“称病”规避公务机要费案审理后，再以拥有“总统国家机密特权”的方式，以返还检方押扣发票等证物，阻挠全案的审理，但在新领导人马英九就任后，马英九就有“解密权”，届时马英九的做法将影响全案能否顺利进行了。

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