据报道，特侦组在五二○前已完成分工编组，公务机要费案将在陈水扁卸任后随即分案，由于公务机要费案的共犯被告，包括陈水扁夫人吴淑珍、前“总统府”副秘书长马永成、陈水扁办公室主任林德训、“总统府”第三局出纳陈镇慧等四人，均已遭起诉，所以全案将不再由“特他”案办起，直接签分“特侦字”案。

目前公务机要费案的卷证资料都在起诉后移送台北地院，但是，“总统府”传出陈水扁要求拷贝第一局的机密数据，同时，玉山官邸也有利用碎纸机销毁数据的传闻。对此，特侦组已经密切注意，对于官邸销毁什么数据进行了解，是否还涉及其它不法？销毁的资料中是否有扁先前侦讯中提到的“南线项目”资料？如果这些机密资料确与公务机要费有关，将严重影响侦查，特侦组不排除另外分案，追究湮灭证据的刑责。

据指出，“高检署”查缉黑金行动中心时代虽然已经侦讯过陈水扁，不过特侦组认为，时间已经隔了两年，应该再给当事人说明的机会，因此将再次侦讯陈水扁，不过，这次的侦讯身份将不再是关系人，而是贪渎案的被告，至于侦讯的方式将采传讯或是比较礼遇的就讯？特侦组还未规划。

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